Используем certutil.exe:

certutil –addstore -enterprise –f "Root" <pathtocertificatefile>

добавит сертификат в хранилище доверенных корневых центров сертификации.

Если вы хотите добавить Промежуточный центр сертификации, замените Root на CA и добавьте в свой Личный магазин, измените его на My.

Все вышеперечисленное добавляет сертификат в хранилище локального компьютера. Чтобы добавить в хранилище пользователя, удалите из командной строки -enterprise:

certutil –addstore –f "Root" <pathtocertificatefile>

-f в команде просто заставляет перезаписать в том случае, когда сертификат уже установлен.